Народився 13 травня (за н. ст. – 26 травня) 1907 р. в родині залізничника, яка проживала на роз’їзді Таришта Омської залізниці (нині Татарський р-н Новосибірської обл., РФ). У 9 років залишився сиротою, виховувався в інтернаті. З 1921 р. працював будівельником на Сибірській залізниці.
Навчався в Омському технічному залізничному училищі. У 1926 р. добровольцем вступив до лав Червоної армії. Закінчив військово-теоретичну школу ВПС, у 1928 р. – Качинське вище військове авіаційне ордена Леніна Червонопрапорне училище льотчиків ім. О. Ф. М’ясникова. Служив у частинах ВПС.
Протягом 1931–1934 рр. був льотчиком-випробувачем Науково-випробувального інституту ВПС. Навчався на інженерному факультеті Військово-повітряної академії ім. М. Жуковського. На початку серпня 1935 р. у складі екіпажу С. О. Леваневського брав участь у спробі трансарктичного перельоту на літаку АНТ-25, що був перерваний з технічних причин. Після цього продовжив подальші випробування АНТ-25.
Зліва направо: Олександр Бєляков, Григорій Байдуков, Валерій Чкалов
20–22 липня 1936 р. як другий пілот разом з В. П. Чкаловим та О. В. Бєляковим здійснив безпосадковий переліт з Москви через Північний Льодовитий океан і Петропавловськ-Камчатський на острів Удд (Чкалов). За мужність та героїзм, проявлені при виконанні цього перельоту, 2 липня 1936 р. Георгію Байдукову присвоєно звання Героя Радянського Союзу.
У червні 1937 р. у складі того ж екіпажу здійснив переліт з Москви до Портленда (США) через Північний полюс. З листопада 1937 р. Г. Байдуков – льотчик-випробувач авіаційного заводу № 22 в Москві.
Брав участь у радянсько-фінській війні як командир авіагрупи бомбардувальників ДБ-3 у складі 85-го бомбардувального авіаційного полку ВПС Північно-Західного фронту.
У серпні 1941 р. у складі делегації з 18 льотчиків, конструкторів та інженерів був відправлений у відрядження до США з метою придбання американських бомбардувальників.
З листопада 1941 р. перебував у діючій армії. Командував ВПС 4-ї ударної армії, 211-ї змішаної авіаційної дивізії на Калінінському, Степному, Воронезькому, 1-му Українському фронтах. Із січня 1944 р. Г. Байдуков – командир 4-го штурмового авіаційного корпусу на 1-му Білоруському та 2-му Білоруському фронтах. Брав участь у звільненні Києва в листопаді 1943 р., Житомирсько-Бердичівській, Корсунь-Шевченківській, Мінській, Східно-Прусській, Берлінській операціях та ін.
Після війни обіймав керівні посади ВПС. Був начальником Головного управління цивільного повітряного флоту при Раді Міністрів СРСР. У 1951 р. закінчив Вищу військову академію ім. К. Ворошилова, обіймав відповідальні посади в Міністерстві оборони СРСР. З вересня 1972 р. був науковим консультантом Головнокомандувача військами ППО країни. З 1988 р. генерал-полковник авіації Г. Байдуков – у відставці. Помер 28 грудня 1994 р. Похований в Москві, на Новодівичому цвинтарі.
Кавалер найбільшого числа орденів СРСР (21 орден СРСР та 1 орден РФ).
Нагороди:
медаль «Золота Зірка» Героя Радянського Союзу
два ордени Леніна (24.07.1936, 15.11.1950)
чотири ордени Червоного Прапора (09.08.1937, 07.04.1940, 05.11.1946, 26.10.1955)
орден Кутузова І ступеня (29.05.1945)
два ордени Суворова ІІ ступеня (10.01.1944, 24.07.1944)
орден Вітчизняної війни І ступеня (11.03.1985)
орден Трудового Червоного Прапора (25.05.1977)
чотири ордени Червоної Зірки (03.11.1944, 20.04.1956, 25.07.1958, 25.05.1967)
тощо